учет НДС по аренде (бюджет)

Разъясните пожалуйста как в бюджетной организации выписывать счета-фактуры на аренду (Бухгалтерский учет (бюджет) ред.5). Как известно средства полученные от аренды федерального имущества являются бюджетными и  входят в состав источников дополнительного бюджетного финансирования учреждения. Арендаторы самостоятельно уплачивают НДС,
а в момент выставления счет-фактуры  покупателю у нас возникает обязанность уплаты данного НДС  в бюджет т.к. при формировании книги продаж данная счет-фактура попадает в налогооблагаемую базу.

Вы уж мух то от котлет отделите...
Если арендаторы самостоятельно уплачивают НДС в бюджет, т.е. являются согласно НК налоговыми агентами, то при чем тут Вы и Ваши счета-фактуры?