Договор аренды

1) Чем грозит при  налоговой проверке неподписанный договор аренды федеральной собственности? В то же время коммунальные расходы оплачивались.
2) Обязательно ли с начала года нумерация счетов-фактур начинается заново?
  Чем грозит при налоговой проверке хаос в нумерации счетов-фактур?

2) В принципе не обязательно...
Хаос - это не отсутствие порядка, это особым образом установленный порядок:), главное чтобы счет-фактура однозначно идентифицировался по реквизитам дата-номер