В бухучете,сделаете сторно (накладной и счет-фактуры)В налоговом обычно проверяющии просят исправлять тем преиодом когда была сделана ошибка.Сдайте уточненную декларацию по НДС ,с декларацией напишите письмо с объяснением и подложите бух.справку(сторно)