материальный ущерб

Как в зарплате и кадрах сделать документ по удержанию из зарплаты сотрудника за материальный ущерб, причененный сотрудником предприятию.

никак... это вид удержания не имеющий прямого отношения к положениям трудового и налогового законодательства в части налогообложения физ лиц.
Вы обязаны начислить и выплатить зарплату сотруднику полностью, если только это удержание не производится на основании решения суда (в этом случае идёт удержание по обычному исполнительному листу судебного органа... вроде как бы так).
А вот после выплаты на основании административного приказа руководства фирмы вы можете отобрать часть денег (не помню точно, но если не изменяет память, не больше 20% от объёма выплат - посмотрите в трудовом законодательстве) и отразить это в бухгалтерии...
первым делом делается проводка по дебету счёта 73.2
а потом ущёрб возмещается проводкой (если возмещение идёт наличкой) 50.1 - 73.2

пример
сотрудник с..л (я имел ввиду стащил) товар со склада, либо равноценно у материально-ответственного обнаружилась недостача (вид ущерба недостача товара)
сначала берём недостающий товар и признаём его как ущерб к возмещению 73.2 - 41.1
а потом заставляем его платить до погашения полной суммы 50.1 - 73.2 (ежемесячно максимум скока позволено, пока не выплатит полностью)
как только ущерб будет погашен полностью на 73.2 образуется ноль
всё теперь работник нам ничего недолжен.

З.Ы. Я не бухгалтер, поэтому в некоторых детялях могу ошибаться, но в общем случае принцип именно такой

действительно немножко наврал...
можно ещё после начисления зарплаты и расчёта налогов
70 - 73.2 сделать... (опять же не не больше максимально положенного)
а потом остаток к выплате уже платить 70 - 50.1

только делать это лучше всего в бух-ии...
после выгрузки из ЗиК-а
избавляет от необходимости править ЗиК (тем более по неосторожности там можно такого понаделать, что придётся потом весь месячный период в журнале расчёта ручками корректировать)