НДС в счет-фактуре

Внутренняя программа по выписке документов покупателю предусматривает расчет НДС попозиционно, при этом если в счет-фактуре одна позиция товара, то у покупателя не возникает вопросов по исчислению НДС, но если позиций больше, то как правило случаются ситуации, что расчет НДС от общей суммы в счет-фактуре не есть равно сумме НДС попозиционной. Какими нормами собсвенно вообще регулируется данный вопрос? Есть претензии клиентов, что расчет неверен, но при этом я не не могу сказать что и неверен наш расчет. Переделка документов вручную не подходит, наша программа не позволяет таких изменений.

> Внутренняя программа по выписке документов покупателю предусматривает расчет НДС попозиционно,
Это абсолютно верно, так как форма СФ в редакции Постановления Правительства РФ от 11.05.2006 N 283 вообще не предусматривает графу "Всего" в столбце "Стоимость товаров..."

> но если позиций больше, то как правило случаются ситуации, что расчет НДС от общей суммы в счет-фактуре не есть равно сумме НДС попозиционной. Какими нормами собсвенно вообще регулируется данный вопрос?
Ответ см. выше

> Переделка документов вручную не подходит, наша программа не позволяет таких изменений.
А что важнее для клиентов - возможности вашей программы или ЗАКОН???

Кстати в основном эта проблема возникает на этапе выписки счета покупателю, если там нет расчета НДС попозиционно - приходиться проверять НДС по расчету в СФ