В ЖР ставите отбор по сотрудникам (2 зеленая кнопка слева), при установке курсора в справочнике "Сотрудники" на совместителя в ЖР будут видны записи только по совместительству. НДФЛ считается совместно по всем местам работы и выводится одной строкой по основному месту.