счета-фактуры на аванс в 1С:Предприятие 8.1

по порядку.
1. выставляем клиенту счета №1(100р.) , №2 (200р.), №3 (300р.)
2. счет № 1 отгружаем без оплаты. получается долг за клиентом 100р.
3. клиент оплачивает счет № 2 и счет № 3 (500р.).
в связи с тем что в 1С нет привязки к счетам, программа автоматом выписывает счет-фактуру на аванс не на сумму счетов 2 и 3 (500р.) , а на сумму разницы (на 400р.), т.к. часть оплаты она считает погашением задолженности по счету №1
на сколько это не правильно? подскажите пожалуйста.

какие-нибудь мнения есть?

Включите расчеты с контрагентами в режим по документам

чтобы 1С считала как вам надо в вашей ситуации, тогда следует включить в общих настройках детализацию расчётов по документам, а в договоре с контрагентом поставить тип ведения расчётов не "по договору в целом" а "по расчётным документам". тогда появится возможность увязывать между собой документы оплаты и документы расчётов.

З.Ы. неправильного в ваших текущих результатах нет, просто одни предприятия используют одну методику ведения взаиморасчётов, а другие другую.

а в учетной политике это надо прописать? то что я по договору в целом авансы считаю?

к сожалению нет пока возможности по расчетным документам вести, пока только по договору в целом

меня интерисуют последствия таких действий. как на это реагирует таже самая налоговая.

налоговую может заинтересовать только НДС с данных операций.
а порядок контроля взаиморасчётов - это управленческая методика направленная на детализацию контроля за расчётами по конкретным хозяйственным операциям.