До установки программы 1С 8.0, пред. бух. НДС с прихода товара относил к счету 19.1

До установки программы 1С 8.0, предыдущий бухгалтер считал вручную(фирма маленькая), и НДС с прихода товара относил к счету 19.1, то есть неправильно т.к. счет относится к НДС с приобретения ОС., сейчас по программе все относится правильно к счету 19.3, вопрос - при подачи отчетности в налоговую будут ли проблемы или вообще чем это чревато ?

А вы в налоговую оборотки сдаёте?
Перекиньте в текущем периоде с 19.1 на 19.3, чтобы закрыть как надо.

кто Вам сказал-что неправильно? Субсчета Вы разрабатываете сами (в инструкции они рекомендуемые). Посмотрите УП-там все субсчета д.б.расписаны.
ИНСТРУКЦИЯ
ПО ПРИМЕНЕНИЮ ПЛАНА СЧЕТОВ БУХГАЛТЕРСКОГО УЧЕТА
ФИНАНСОВО - ХОЗЯЙСТВЕННОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ОРГАНИЗАЦИЙ

(в ред. Приказа Минфина РФ от 07.05.2003 № 38н)

На основе Плана счетов бухгалтерского учета и настоящей Инструкции организация утверждает рабочий план счетов бухгалтерского учета, содержащий полный перечень синтетических и аналитических (включая субсчета) счетов, необходимых для ведения бухгалтерского учета
Субсчета, предусмотренные в Плане счетов бухгалтерского учета, используются организацией исходя из требований управления организацией, включая нужды анализа, контроля и отчетности. Организация может уточнять содержание приведенных в Плане счетов бухгалтерского учета субсчетов, исключать и объединять их, а также вводить дополнительные субсчета
В Инструкции после характеристики каждого синтетического счета дана типовая схема корреспонденции его с другими синтетическими счетами. В случае возникновения фактов хозяйственной деятельности, корреспонденция по которым не предусмотрена в типовой схеме, организация может дополнить ее, соблюдая единые подходы, установленные настоящей Инструкцией.