Командировка совместителя

Уважаемые форумчане, прошу помощи, у нас такая ситуация человек у нас работает по совместительству, но живет в другом городе, как правильно оформлять командировку в этом случае (т.е. когда он едет к нам штампики в командировке как ставить) и если какие нибудь подводные камни в этом случае? Зарплату емы начислять как совместителю исходя из 4 часов работы если он к нам прилетает на день или на недалю?

Обособленного подразделения в том городе где он постоянно работает у нас нет

Что то я вам совсем не понял.... о какой командировке речь идет то? ну живет в другом городе.... ну прилетает к вам... и что ?
По поводу оплаты тут уж как вы договорились или полный месяц по 4 часа в не зависимости от того сколько работал либо сколько отработал столько и заплатили учитывая ночные вечерние переработки и остальное либо еще как, что у вас с ним в трудовом договоре написано короче.

Человек живет не в нашем городе. Но устроен к нам совместителем, он к нам частенько прилетает, так вот как списывать затраты на его перелеты, я думаю как командировочные расходы или я не права?

Всё зависит от трудового договора, который вы с ним заключили. Какую работу этот человек делает для вашей организации в другом городе? Если никакой, а просто устроен, то можете оплачивать дорогу, но это облагается НДФЛ, ЕСН и н, не знаю точно, не уменьшает прибыль.