Проблема с НДС

В Сф пишется так
Молоко2.5% 1л (20)Шт. 250 13,70 3 425,00 -- 10% 342,50 3 767,50
Всего к оплате 342,50 3 767,50

А в Торг 12

Молоко2.5% 1л (20)Шт. 250,000 13,70 3 425,00 10% 342,50 3 767,50
Итого      250,000 Х 3 425,00 Х 342,50 3 767,50
Всего по накладной    250,000 Х 3 425,00 Х 342,50 3 767,50

В программе написано
Всего руб   3 767,50
НДС(в т.ч.) 342,50

В документах у Вас всё верно. Фраза "в программе написано..." загадочна.

по приходным документам делает в прогамме та как в первичке поставщиак указано. По своим расходным как вам удобнее так и ставьте.
А бухгалтеру покажите проводки обоих вариантов, чтоб она убедтлась, что разницы нет никакой.