Межпартионная пересортица

Доброго дня.
В розничном магазине с очень большим ассортиментным перечнем часто возникает пересортица. Как межтоварная (вместо одного йогурта продали на кассе другой), так и межпартионная. Межпартионная пересортица возникает, в основном, из-за нарушения последовательности документов, перепроведения расходных документов задним числом и т.п.
В результате в торговой системе (на базе УТ) по партиям есть как положительные, так и отрицательные остатки. Навести порядок в последовательности документов нет ни какой возможности. Поэтому речи о перепроведении всех документов быть не может.
Есть идея, например, перед инвентаризацией оформить межпартионную пересортицу (отдельный документ в программе) - компенсировать отрицательные остатки по партиям товара положительными остатками того же товара.  Но в результате себестоимость товарных остатков на складе изменится.
Вопрос. Как подобную операцию отразить в бухгалтерском учете? Напрашивается проводка Дт41 - Кт41, но насколько это законно?

Надо формировать два отдельных документа Поступление (для излишков) и Списание (для недостачи) и соответственно проводки будут по поступлению Д41/К94, а по списанию Д94/К41.
Или делать один документ, Инвентаризация ТМЦ, но он должен так же делить проводки.

А разве документ оприходования делает такие проводки? Насколько я помню после проведения получается Дт41 Кт91.
Ведь 94 счет используется только для недостач? Или я чего-то не так понял?

По поводу 94 я конечно погорячилась. Вопрос о счете для списания решает бухгалтер. Наш списывает на 94. Ваш может выбрать другой.
Главное, что я хотела посоветовать - это разделить излишки и недостачу по разным документам.
ИМХО

Именно при инвентаризации ТМЦ автоматически сформируются нужные проводки:
по излишкам  Дт 41 - Кт 91.01
по недостаче Дт 94 - Кт 41