НДФЛ и проблема с ним

У нас 1С: Бухгалтерия предприятия 8.1.
Вот такая у меня ситуция:Сотрудник в марте принес недостающее cв-во о рождении ребенка для предоставления вычета. Мы внесли поправки. В итоге н/обл база за Три месяца оказалась меньше, чем за Два (янв-фев). Исчисленная сумма НДФЛ (нарастающим итогом) тоже оказалась меньше.
Машина сделала так:
- за март выплатила з/п больше на сумму "минусового" НДФЛ
- в апреле ставит эту сумму НДФЛ плюсом к исчисленной за данный месяц и при этом пытается опять выплатить эту же разницу
- в мае все повторяется.
Гл.бух. уже вручную внесла исправления в "Отражение в учете", поэтому апрель закрылся все же верно. Но май - все вернулось! В чем проблема? Как исправить? Помогите

как внесли вычеты?

Через справочник "Сотрудники". Изменили в вычетах - поставили вместо одного ребенка два. Мы всегда так делали.

с какого числа право на вычеты? с какого числа применяются вычеты в организации?

С начала года, просто свидетельство принесли позже.
Такая же проблему и у сотрудника, который был в отпуске без сохранения з/п.

попробуйте распровести и потом последовательно провести документы по начислению и выплате зарплаты. и посмотрите, что у работника в карточке 1-ндфл.