1C:ЗиК,редакция 2.3(7.70.289)

В справке по инвалидности  дата установления инвалидности 03 июня 2009г. Пенсионный фонд требует в форме СЗВ-4-2 указывать именно эту дату(в противном случае отчет не принимается).Программа ЗиК ,если ставить указанную выше дату, берет в сумму начисленных страховых взносов ИЮНЬСКУЮ!? зарплату ,т.е. неверно формирует начисления.

Что-то я не пойму, как связаны СЗВ-4-2 и справка по инвалидности?

Похоже, попытка подать данные на пенсию по инвалидности. Загрузите сделанные в 1С сведения в пенсионную программу и там сделайте межрасчетную ведомость с нужной датой.