Закрытие счета 26, при отсутствии выручки.

если программа хочет выручку, надо дать ей выручку. Хоть немножко.
Создайте бухгалтерскую справку и создайте в ней проводку: Д62 - К90.1 Сумма = 0.01. Субконто: по 62 счету - без субконто, по 90 счету - субконто, соответствующие основному виду деятельности. Потом на это субконто будет отнесен убыток текущего периода в БУ.

Документ закрытия периода должен быть разделен минимум на два: в первом должна быть установлена галочка для закрытия счета затрат, а галочки закрытия 90 и все что ниже сброшены. Во втором документе наоборот, закрытие 90 и ниже должно быть включено.

1) Проводите первый документ закрытия месяца - закрываете счета затрат.
2)Удаляете бухгалтерскую справку (а лучше просто обнуляете сумму, т.к. может быть еще придется все перепровести несколько раз).
3) Проводите второй документ закрытия месяца - закрываете 90 счет и т.д.

Для ТИспецов и программистов - другой раздел. Бух.программы и бухучёт надо обсуждать с бухами.