Смотрите документ "Восстановление НДС". Именно восстановленный НДС попадает в книгу продаж. Это правильно. В декларации он проходит по строке 190 или 200. Можно, конечно, в вышеназванном документе поставить галочку "отображать в книге покупок", но это не совсем правильно.