Вместо оплаты получается аванс

1С:Предприятие 8.2 (8.2.10.77)
Бухгалтерия предприятия, редакция 1.6 (1.6.22.4)

есть поступление товаров от 31.12.2009 и оплата поставщику 13.01.2010
программа считает эту оплату авансом, и этот аванс не зачитывается
договор один, контрагент тоже.

Взиморасчеты по договору как ведутся? (по расчетным документам или в целом)
> договор один, контрагент тоже
лучше перепроверить, бывает вводят второй раз контрагента - попробуйте отключить иерархический просмотр и поискать...

в целом

Попробуйте перепровести сначала Поступление ТиУ потом платежку (возможно в базу сначала платежку ввели, потом поступление...тогда аванс не зачтется)