НДС при УСН

Мы строительная организация.В ноябре 2009г( находились на ОСНО) выйграли аукцион на строительство у гос.заказчика, заключили договор, утвердили смету на сумму с НДС. С 2010 года мы находимся на УСН  и поидее НДС платить не должны, и в счет- фактуре указывать НДС не должны,НО в договоре Указана сумма к оплате с НДС как нам с этой суммой поступать? кто может подскажите пожалуйста

А если сделать дополнительное соглашение:
п.№ такой-то считать в следующей редакции, и изменить там сумму договора, при этом предоставить им уведомление из налоговой, что вы теперь на упрощенной системе налогооблажения.

Дак все дело в том, что в таком случае придестся менять смету, т.к. сумма в смете заложена с НДС. К тому же если пересчитывать смету то там автоматически используются другие коэффициенты например для накладных расходов и т.д, да еще дополнительно смету надо будет переутверждать и вообще мы считаем что заказчик на это не пойдет. Скажет что это наши проблемы. Мы сначала думали просто уплатить эту сумму. Но потом мне сказали, что налоговая эту сумму не зачте, т.к. мы не являемся плательщиками НДС и признает это ошибкой. И блин вот сейчас незнаю как поступить правильнее. С одной стороны не мои деньги а с другой стороны это все делать мне надо будет. И еще я боюсь что по этому поводу заявится к нам проверка.

Подскажите пожалуйста