ЗУП

Чем отличается БАЗОВАЯ версия ЗУП от ПРОФ какую лучше брать для маленького предприятия в 50 человек?

Отличие базовой: в ней можно вести только одну организацию (а не сколько угодно, как в ПРОФ) и её нельзя дорабатывать. Если вас полность устраивает функционал, то без разницы. Даже если несколько организаций, можно сделать несколько отдельных баз (в случае базовой конфигурации).
Да, ещё один момент: базовая версия при установке на компьютер "привязывается" к железу (а не к ключу, который можно воткнуть в любой комп), т.е. при смене компьютера придётся её заново регистрировать. Всего таких регистраций может быть три.

Товарисч уже почти всё сказал. Добавлю о "невозможности доработки":

1) Внешние отчёты и печатные изменённые формы  - подключаются "на ура".

2) Увы, как и в любой программе есть в конфигурациях ошибки. Исправить их в базовой версии увы, будет невозможно легальными действиями. (Обсуждение других действий запрещено правилами форума.)

Благодарствую за расширенный ответ!