Некоммерчекая организация (счет 86)

"В оборотной ведомости
В сальдо по Д-ту: 26 -)73678,91 и 86 +)147357,82    Итого 73678,91        
        по К-ту  68 +)6680,00; 69 +)15296,28; 70 +)51702,63      Итого73678,91
в балансе в активе вообще нет ничего, в пассиве 73678,91"

Для начала попытаемся разобраться - вы ведете и некоммерческую, и коммерческую деятельность? (Откуда сальдо по 26 счету?)

нет, у нас только некоммерческая деятельность. А сальдо по 26 счету получилось от закрытия счета 86 (Д 86 К 26). Вы же сказали что надо использовать счет 26.

Нет, я сказала, что счет 26 используют только при ведении коммерческой деятельности. Убирайте сейчас все проводки с 26 счетом, меняйте его на 86. Дебетовый остаток по 86 счету действительно может не попасть в баланс(программой может быть не предусмотрено наличие отрицательного остатка по целевому финансированию), но у вас ведь только в январе остаток дебетовый? Если на конец отчетного периода - скорее всего придется править баланс вручную, отражать дебетовый остаток  86 счета по строке либо 240, либо 270.
И не заморачивайтесь закрытием 86 счета!!! Остаток по нему - нормальное явление!

Проводка по 26 счету была одна (Д86 К26), я ее сняла. Налоги и з/п начислены на 86 счет. Я уже думаю, может з/п и налоги начислить февралем (например первого февраля), будет проще? или это неправильно по бух учету?

Да нет, не нужно. Вы же за январь зарплату начисляете. А баланс за январь никого не будет интересовать. У вас общая система налогообложения (судя по балансу) или упрощенка (с нас и при упрощенке баланс требует учредитель)?

Вроде я разобралась. Сделала начисление целевых средств, сумма попала в 240 строку баланса. Баланс пошел

У нас общая система налогообложения. А вообще мы можем использовать счет 20? Например при списании материалов или ничислении амортизации без 20 не  обойтись

Значит, все-таки предусмотрено программой)))

20 счет - основное производство. Вы разве что-нибудь производите?
Списание материалов заложено в смете? Тогда по 86 счету. Если не ведете коммерческую деятельность - все абсолютно по 86 счету, и только в соответствии со сметой.
Амортизация не начисляется, начисляется износ (Амортизация уменьшает базу по налогу на прибыль, у вас этого налога быть не должно). При этом расходы на приобретение основных средств (заложенные в смете!) отражаются на 86 счете сразу, такими проводками: Д 60 К 51 - оплачено ОС, Д 08 К 60 - оприходовано ОС, Д 01 К 08 - введено в эксплуатацию ОС, Д 86 К 83 - отражен расход на ОС по смете. Износ начисляется проводкой Д 83 К 02.
Попробуйте перейти на упрощенку. Вам будет легче.)))