Получение кредита от учредителя (банк - физлицо - юрлицо)

Учредитель (физлицо) получает кредит в банке под залог своей недвижимости и передает деньги по договору займа юрлицу.
Цель - пополнение оборотных средств компании.
По договору займа предполагается  погашать проценты за физлицо банку.
Можно ли в договоре займа между физлицом и юрлицом указывать такой же процент, как в договоре с банком?
Является ли в этом случае физлицо выгодопреобретателем и нужно ли оплачивать НДФЛ?

Наилучший вариант, это брать кредит в банке на организацию, а учредитель в данном случае будет выступать залогодателем (т.к. залог будет его имущество). Эта схема вполне работает во многих банках. Но все же если у Вас банк не использует такие методы кредитования, то тут нельзя путать оба договора - по кредиту и договор займа. В этом случае учредитель как физ.лицо получает кредит в банке. Потом эти денежные средства он предоставляет ввиде займа организации. Причем можете указывать любые условия и проценты в данном договоре займа, это чисто взаимоотношения учредителя-займодавца и юр.лица-заемщика. В любом случае если проценты от пользования заемными средствами существует, то с этой суммы с физлица необходимо удерживать НДФЛ, как с дохода 1011 Проценты.

Если в договоре займа мы прописывает, что организация оплачивает проценты по кредитному договору за физ.лицо банку? Являются ли проценты доходом?

Я опять же повторяюсь, что являются проценты доходом, нельзя путать физ.лицо и юр.лицо. Он же не отчитывается по налогу на прибыль, или по другому налогу по виду деятельности. Он как ФИЗ.ЛИЦО обязан платить НДФЛ с полученных доходов, а проценты это и есть его доход. А Вы как налоговый агент должны удержать и перечислить НДФЛ в налоговую с данного вида дохода. Здесь работает что-то наподобие схема выплат дивидендов, там же вы не учитываете его личние расходы как физ.лица.