Учет НДС при ОСНО+ЕНВД

Конфигурация Комплексная Автоматизация 8.1. Учетная политика предприятия ОСНО + ЕНВД (розничные продажи облагаются ЕНВД). В учетной политики указано вести сложный учет НДС (НДС 0%). Введены документы выборНоменклатурыДляВеденияСложногоУчетаНДс, вводНачальныхОстатковНДСпоПартиям. Каждый день на основании данных отчета ККМ проводились документы перемещения из опта в розницу с учетом счетов товара 41.01 и 41.02 НДС включен в стоимость товара, счет списания НДС 90.02.2. При закрытии месяца выполняется обработка "ПроведениеДокументовПоРегистрамНДС", формируется книга покупок. Но в конечном итоге при анализе счета 41.02 выясняется что по кредиту висит сумма на 19.03, а в кредите 90.02.2 ничего нет, счет не закрывается.
Узнал, что в учетной политике нужно ставить в себестоимости МПЗ партионный учет по складам. Но при перепроведении документов оприходования, поступления, перемещений и проведении по партиям НДС, расчета себестоимости. Сумма с 41.02 по дебету никуда не списалась, а вот всё что было по кредиту ушло в ноль. Ерунда получилась. Может кто сталкивался с такой проблемой подскажите.