Между бухгалтерским и налоговым учетом имеется разница на сумму платежей в фонды.

Не вижу в налоговом учете проводок по уплате налогов. При проведении банковских документов (платежных поручений на уплату налога, выписок банка) не формируются налоговые проводки.

Между бухгалтерским и налоговым учетом имеется разница на сумму платежей в фонды. При проведении платежного поручения входящего, например, на возмещение расходов от ФСС, формируются налоговые проводки Д-т ПВ К-т 69.01.

А для каких целей по-Вашему в налоговом учете надо отражать уплату налогов? НУ же ведется для целей формирования налогооблагаемой базы. А для целей отражения финансового совтояния предприятия, в т.ч. взаиморасчетов с бюджетом, у нас ведется БУ.

Какая программа то?