«1С: Предприятие 8.1 Управление торговлей»

Я в программе «1С: Предприятие 8.1 Управление торговлей» новичок-самоучка по книге и методом тыка. Накопилось много вопросов. Есть две организации «ХХХ» и «ООО» Товар получаем от поставщика на организацию «ХХХ», а отгружаем на «ООО, а иногда и от «ХХХ»». Как вести учёт по 2 организациям в одной программе?  Не выводится реальный остаток. Инвентаризацию и оприходование я делаю на организацию «ХХХ»! Как быть в такой ситуации?

На основании каждой организаци заводи собственного контрагента. Делай поступление товара на ХХХ,затем реализуй собственной фирме на ООО. Можно воспользоваться обработкой "Пакетный ввод документов".

"ХХХ" (работает без НДС) и "ООО" (с НДС) - это одна наша организация.

Каждый месяц мы проводим инвентаризацию Склад небольшой. Учёт вести сложно. Кто-то за наличные покупает товар или накладные в мои руки не сразу попадают.... и я не в курсе.... А руководителю нужен список товара на складе каждый месяц.Пока разбираюсь, приходится делать инвентаризацию , потом оприходование....

и на основании этого распечатываю ведомость товаров

Ну смотрите, по каждой организации правой клавишей мыши - ввести на основании "Контрагенты". Эти контрагенты попадают в регистр сведений "Собственные контрагенты", т.е. они будут соответствовать своей организации.
Далее запускайте обработку "Пакетный ввод документов" Распеделить: Отрицательные остатки организации (закупка у собственных контрагентов). Заполните закладки Параметры и Таблица. По кнопке "Выполнить" автоматически создадуться документы реализации отодной и поступление на другую фирму. Именно так происходит передача между собственными организацими.