Как корректно отразить возврат части аванса з/п? (УПП 1.2.32.1)

Т.е. насчитали аванс, сформировали ведомость, сформировали платежки. Банк одну платежку не принял по некой причине. Сформировали новую на эту же сумму. Смотрят в отчет "Расчетные ведомости организаций" - сумма задваевается. Возврат из банка делали входящей платежкой, которую отчет естественно "не видит".

Вообще то на основании платежки должна была быть выписка банка. Её отмените сначала.

Не должна.
Это УПП , а не ЗУП.

Т.е ППИ делает "отметку" о выплате? А его просто отменить нельзя?

А с какого перепуга у Вас появилась входящая платежка, если со счета ничего не списали? Платежку, которую банк не принял распроводите.