Уменьшится ли штраф по НДС

У ИП проводилась камеральная проверка, в ходе которой налоговая инспекция выявила сумму налоговой базы и сумму налога. В протоколе было написано, что ИП не воспользовался своим правом на налоговые вычеты и необходимо предоставить уточненную декларацию по НДС, и были начислены пени и штраф.
После этого в инспекцию были отнесены документы подтверждающие налоговые вычеты и уточненная декларация по НДС. При этом изменилась сумма налога, пересчитаны пени, но сумма штрафа осталась на прежнем уровне, что и была до уточненной декларации. Хотя в налоговом кедексе написано, что сумма штрафа равняется 20% от недоимки.
Правильно ли я рассуждаю, что сумма штрафа должна также уменьшится?

а откуда недоимка, если вы перплатили НДС, не воспользовавшись правом на вычет?

В том-то и дело, что ИП в тот период НДС не стал платить