Командировка

Подскажите пожалуйста как правильно оформить командировку, когда сотрудник работает в организации на двух должностях (основное мето работы и внутреннее совмещение). Получается приказ оформлен только на одну должность,  а по вторй сотрудник просто отсутствует? Как оплачивать: исходя из среднего заработка сотрудника по обеим должностям или только той которая направляется в командировку?