Счет-фактура

Делаем оплату поставщику через расчетный счет, счет-фактуру получаем позже.Погашение задолженности и зачет авансов ставим "автоматически". Но иногда программа не видит, что мы ввели счет-фактуру, приходится перепроводить документы оплаты после ввода счет-фактуры. Как правильно вводить эти документы?

Какую СФ вы вводите? СФ полученную на аванс или другую?