Стандартные вычеты

и вы говорите за год заполняется, а может у нее в  след. месяце зп поднимится так, что сумма будет больше 280 тыс.!?

В пункте 4.1 показывается ВОЗМОЖНАЯ сумма вычетов для сотрудника за налоговый период на момент формирования справки.
Если зарплата сотрудника превысила предел предоставления вычетов, то в этом налоговом периоде он уже не сможет получить вычеты, соответственно указывается сумма уже полученных вычетов, не больше. Если же теоретически, он еще может получать вычеты, то ВОЗМОЖНАЯ сумма показываеся по полной, до конца года.

Если в следующем месяце зарплата поднимется и перекроет предел, то со следующего месяца справка будет формироваться в размере уже полученных вычетов, не больше.

И все же, какой у вас релиз программы? Вы уверены, что формируете актуальную версию справки 2-НДФЛ?

1С:Предприятие 8.2 (8.2.10.73)
Зарплата и Управление Персоналом, редакция 2.5 (2.5.23.4)
правильно нашла релиз?

Мдя...Текущий релиз 2.5.39.1.

а где его можно скачать?

В старых релиз был когда-то косяк.

А вы знаете что справка 2-НДФЛ изменилась, что теперь наример нужно еще отражать сумму перечисленных взносов ?

подписка на ИТС есть?

Да, релиз вы нашли правильно.
Его нужно обновить, т.к. эта справка 2НДФЛ, да и не только она, устарела.
Если у вас нет подписки ИТС, нужно ее оформить, и можно будет обновлять конфигурацию через интернет (если она типовая, без доработок)