Где стоит галочка Печатать Счет-фактуру в рублях?

Смоделировала вашу ситуацию, завела фиктивную валюту учета у.е.
С/ф распечатался в рублях.

Может позвать специалиста.

P.S. Может у вас своя (внешняя) форма с/ф подключена?

Вы знаете, я вспомнила, что у меня есть ещё одна организция с у.е. Зашла в их базу и там действительно РАБОТАЕТ.
Теперь буду с ней сравнивать все настройки.
Внешняя форма с/ф у нас есть, но я проверяла именно типовую. Так как в связи с переходом на рубли мы перейдем на типовую.