Расчет отпускных и гражданско-правовые договора

Добрый день!
Разъясните пожалуйста.
Я работал в учебном заведении и на время работы со мной был заключен трудовой договор.
Учебное заведение выиграло грант на проведение научно-исследовательских работ.
На выполнения этих работ со мной заключили гражданско-правовой договор (параллельно с трудовым).
После выполнения работ по этому договору, я уволился.
В справке о заработной плате суммы выплат по договору указывались, но при начислении компенсации за неиспользованный отпуск, они не учитывались.
1. Правомерно ли это?
2. Каков размер налоговых вычетов с договоров гражданско-правового характера?

Согласно заключенному трудовому договору, преподавателю устанавливается удлиненный оплачиваемый отпуск продолжительностью 56 календарных дней.
При увольнении, отдел кадров предоставил в бухгалтерию учебного заведения справку-расчет, где количество дней отпуска, за которые надлежало выплатить компенсацию, равнялось 23,35.
3. Нет ли тут ошибки?

1 да
2 вычеты применются ко всем (суммарно) доходам физ.лица
3 мало данных

А какие данные еще необходимы?
Я не экономист и с бухгалтерским учетом не знаком, к сожалению, не знаком

Дата приема и дата увольнения по трудовому (основному) договору.

Дата приема 26.08.2010
дата увольнения 26.04.2012