вот вспоминается что-то подобное, тоже вручную заносили в документ сумму, а в выплаты не попадало. ситуация вроде была следущая: доначисляли за древний год отпускные, там при расчете ничего не попадало, ни суммы, ни дни, точно не помню, вроде сдвинул расчетный период, расчитал хоть что-то, затем вручную подправили сумму, и все стало ок. может у вас подобная ситуация.