Нумерация листов кассовой книги

Нет,это не правильно.Читайте ИТС.

Установите флажок Подразделение, если необходимо сформировать раздел кассовой книги по выбранному подразделению.

Я устанавливаю флаг "Подразделение", выбираю из справочника "подразделения" свое обособленное подразделение - получаю кассовую книгу по обособленному подразделению.
Убираю флаг и получаю кассовую книгу по всем РКО и ПКО, в том числе и обособленного подразделения.
Как сделать чтобы формировалась кассовая книга только по готовной организации без обособленных подразделений?

У вас есть подписка на ИТС?

Есть. Но там про мой вопрос ничего не сказано.

Ошибаетесь!Можете еще попытать фирму-франч подписавшую Вас.