УПП "Оприходование товаров" ввод начальных остатков без налогового учета

В прошлом году был ввод остатков бугалтерия набила документы Оприходование товаров "ввод начальных остатков" без галочки "нал. учет" после (работаем в РАУЗе) этого были движения по складам. через несколько месяцев заметили что после расчета себестоимости количество ушло а стоимость зависла на этих складах по этим номенклатурным позициям. Таких позиций очень много больше тысячи, складов ~50.
Вопрос: Кто нибудь с этим сталкивался?
Как решить проблему с зависшими деньгами, а точнее с теми позициями по которым количество еще осталось? ведь стоимость с количеством не хочет уходить.

Сделать правильно в документах ввода остатков, провести все документы, проверить расчет себестоимости выпуска.

Можно конкретнее как правильно сделать в документах которые датированы 1 июня 2011 года, и что проверить в расчете себестоимости!? Заранее благодарен!