Взаимозачет.

Имеет ли право некоммерческая структура провести в одностороннем порядке взаимозачет членских взносов в счет оказание услуг коммерческой структурой с информированием контрагента? Или необходимо согласие другой стороны?

формулировочка, однако! Автор бывший "законодатель"?

Увы) ...нет.

Вопрос не понятен?

мне - нет! Кто, кому и за что должен? В этом зачете 3 "субъекта"?

Субъекта 2: некоммерческая организация и коммерческая.

Коммерская оказывала услуги некоммерческой и состояла там  в членах.

в связи с чем у меня возник вопрос может ли неком. в одностороннем порядке провести взаимозачет в счет уплаты чл. взносов за счет неуплаты за услуги?

нет

а почему члену неком.товарищества нельзя в счет уплаты членских взносов, выполнить какие либо работы для товарищества? Конечно при наличии соотв. договора между ними. Если он есть, то товарищество "самостоятельно" может вместо оплаты сделать зачет этих обязательств, естественно, уведомив об этом исполнителя работ. Или у неком.организаций "свои правила" на этот счет?

а почему у вас возникли такие сомнения? Одна из сторон против зачета и требует "живых" денег?
Статья 410 ГК. Прекращение обязательства зачетом
Обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. Для зачета достаточно заявления одной стороны.

потому что это разные обязательства

Возможно. Ох, уж эта "однородность требований"! Одно из самых "растяжимых" определений!
Что следует считать однородными требованиями?
Приходится слышать и читать, что однородными требованиями можно считать только те, предметом которых являются одни и те же товары (работы, услуги). Если следовать этой логике, то недопустимо зачесть требование, предметом которого является товар, и требование по оказанию услуги.
Однако большинство экспертов сходятся во мнении, что однородными являются большинство возникающих в хозяйственной деятельности обязательств. Таким образом, для проведения зачёта не обязательно, чтобы оба встречных требования возникли в силу одного вида договоров.
ВАС России также указывал, что статья 410 ГК РФ не требует, чтобы предъявляемое к зачёту требование вытекало из того же обязательства или из обязательств одного вида.

Тут обе стороны должны деньги. Не может-же исполнитель забрать свои услуги обратно? Как и общество не может "простить" членские взносы.