Скидка про поступлении товаров

а счет-фактура с ндс или без ндс?

форма с\ф регламентирована и не зависит от ставок в нем.

и? как это относится к моему вопросу?

А какая разница, в данном случае?

> Нигде в литературе описания подобного случая не нашла.
Вот и я говорю, что первый раз такую бредятину слышу.

Видела такое только в рознице. В чеках кассовых

Можно подумать, что вы живете в другой стране.....
До этого сталкивалась с подобной ситуацией - но была 1 позиция и по ней скидка, в этом случае проще - сумму делим на количество и всё.
А если позиций несколько?
А если это покупает подотчетник по чеку?
Ситуаций много -  скидки-бонусы

Давайте определимся со странами. Я живу в России.
Для предоставления скидок в программах 1с есть соответствующий алгоритм. И, какая вам на огородное растение разница, с какой именно скидкой от своей цены отпустил вам товар ваш поставщик. Его отпускная цена, со скидкой или без, (она же ваша закупочная) зафиксирована в ЕГО программе и указана в ТОРГ-12 и СФ, которые вы получаете в бумажном виде (ну, или ЭД). Все!
А уж наварился он там на 500 % или себе в убыток сторговал - вам до этого должно быть "фиолетово".

Пересчитывать цены для каждой позиции? Ведь в документе указаны цены без скидки!

Я чего-то ни фига не понимаю. Цена в ТОРГ-12 и СФ должна быть указана уже окончательная. Со скидкой она или нет - вам это по-барабану. Т.е., вы можете знать, что это цена со скидкой, которую за особые заслуги предоставил вам поставщик, и получить от этого моральное удовлетворение. НО! Оприходовать у себя вы должны по той цене, которая указана в графе "Цена" ТОРГ-12 и СФ.
Если у вас с вашим поставщиком какие-то другие взаимоотношения, то повторюсь - меняйте поставщика. )