Во время ежегодного отпуска был болничный

А что не так? Больничные он получает за период 16-29.07, отпускные за все дни отпуска, отпуск должен быть продлён на дни болезни, вот Вы и обязаны были продлить отпуск и перерассчитать его. На полученных (рассчитанных) суммах отпускных это сказаться не должно. Если не сделали это в июле, должны сделать в августе исправлением июльского документа. Не забывайте об обязанности вести точный учёт рабочего времени. В конце концов установите контроль пересечения периодов, программа тогда должна предупредить о уже имеющихся отклонениях при проведении больничного.