Увольнение после длительного отсутствия по собственному желанию

Добрый день!
Дорогие коллеги, подскажите пожалуйста, как правильно поступить в данной ситуации.
Больше года назад у нас пропал сотрудник, выяснилось (сообщила его мать), что он в СИЗО под следствием....решение суда так еще и нет.
Но его мать обратилась к нам, что работник хочет написать заявление на увольнение по собственному желанию, какую дату увольнения он должен указать в заявлении и как нам отдавать документы, кто за него будет расписываться в приказе и в книге движения трудовых книжек о получении трудовой книжки? И если у него есть неиспользованные отпуска, должны ли мы их оплатить?
В общем, подскажите пожалуйста, как сделать все правильно.