БП 3.0 принятие в расходы по УСН себестоимости реализованных товаров

Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.40.39) типовая.
Организация на УСН Доходы минус расходы.
Учет запасов ведется по номенклатуре; по партиям(документам поступления), по складам(по количеству).
Порядок признания расходов по товарам в УСН:
1)      Поступление товаров;
2)      Оплата товаров поставщику;
3)      Реализация товаров;
4)      Получение дохода (оплаты покупателя).

Ситуация следующая: в момент проведения оплаты от покупателя, если платеж разбивается на несколько счетов, то строки записей в регистр «Расходы при УСН» раздваиваются, а иногда и троятся, соответственно завышается сумма расходов. В итоге возникает ситуация, когда себестоимость по проданному товару попадает в книгу доходов и расходов завышенной в 2-3 раза. Если платеж не разбивается на счета - используется автоматический вариант ведения взаиморасчетов - то записи в регистр не двоятся и расходы в КУДиР отражаются верно. Это ошибка конфигурации или или мы что-то делаем не так?