Использовать или не использовать, это личное дело совести каждого бухгалтера, вы же все равно заводите отдельную базу на каждое предприятие, в одной базе вести даже две фирмы, согласитесь, сложновато. Что касается второго, вы путаете кислое с пресным - это не 04 счет "нематериальные активы", а счет 97 "Расходы будущих периодов" - на котором по всем рекомендациям Минфина и МНС мы и обязаны учитывать такие программные продукты, поскольку не являемся их собственниками или изготовителями. В данном случае срок использования предполагает лишь то, что может быть через год, два, три, пять, десять вы решите купить новую программу - более навороченную, ту же 1С, но версии 8.0.