Добрый день.
Можно почистить регистр накопления "Зарплата к выплате". Универсальным отчетом смотрите остаток на начало года, в группировки выводите все возможные поля (физ.лицо, сотрудник, подразделение, период, документ основание).
В ручной операции нажимаете Еще/ Выбор регистров .. галкой отмечаете "Зарплата к выплате".
И если по старым периодам висит положительный остаток, то вносите запись на Расход и наоборот. Ну то есть приводите к нулевому остатку ... обязательно перепроверяете отчетом.
Должно остаться сальдо, соответствующее БУ.
Так то по з/пл еще и другие регистры участвуют) если полностью навести порядок, то можно проверить также универс. отчетом еще Бухгалтерские взаиморасчеты с сотрудниками, Взаиморасчеты с сотрудниками, Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ.