НДС можно принять к вычету по счету-фактуре, в котором вместо КПП филиала стоит КПП головной организации
Счета-фактуры заполняются в соответствии с Правилами, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. Однако из Правил не ясно, чей КПП – головной организации или обособленного подразделения – нужно указывать, если товары (работы, услуги) приобретаются или реализуются через обособленное подразделение. Данную ситуацию в письме от 05.09.2014 № 03-07-09/44671 прояснил Минфин России.