Если НДС неправомерно возмещен, то пени начисляются даже тогда, когда налог зачтен в счет уплаты других налогов
ФНС России в письме от 21.02.2013 № АС-4-2/2940 рассмотрела вопрос о том, в каком порядке налоговый орган начисляет организации пени, если ей неправомерно возмещен НДС.