Для этого можно использовать документ "Ввод остатков кредита".
Данный документ, помимо ввода начальных остатков, позволяет изменять долг контрагента на произвольную сумму.
Следует ввести два документа - "Ввод остатков кредита" (по обоим клиентам), в одном из которых указать уменьшение долга на эту сумму, а во втором указать, соответственно, увеличение долга на такую же сумму.