материальные потери организации

Будет ли служба технической поддержки оператора брать на себя материальные потери организации в связи со сбоями в программе, например пени, штрафы.

Пользуйся услугами ФГУП НТЦ "АТЛАC" ФСБ России, всё будет...
Не рекомендую пользоваться услугами "Удостоверяющего центра" c формой собственности ООО, а тем более ЧП. В свое время сделал такую ошибку, были зря затрачены деньги. Но терять перспективное направление не хотелось, пришлось ещё потратиться и перейти в ФГУП.

Читай договор.

Не надо вводить в заблуждение народ. Что, в контексте вопроса топика, форма собственности организации позволит вам возместить ущерб? - это бред. На сегодняшний день ни один из существующих спецоператоров связи не пойдёт на составление такого рода договора, Вы сбои в программе, как докажете? Ведь большинство того, что пользователь называет сбоем, - сотворено руками пользователя, - частый пример: сдача без подключения к сети, кривой сторонний софт...
Выход по сабжу один: выбирайте лучшую (наименее глючную) технологию сдачи отчётности по ТКС и хорошего провайдера.

И я о том же. Программный продукт стоит у провайдера (спецоператора)....

Возможно в Вашем случае Спецоператор связи(СОС) и провайдер выступают в одном лице. Но вообще-то они предоставляют абсолютно разные услуги. Провайдер только связь, а СОС является третьим лицом в общении клиента и ИФНС. У Вас же разные договора на эти услуги?