Вы читайте уведомление сначала и до конца. Ведь там не только о соотношении идет речь, но и о датах по строкам 100-120. Сложно конечно что-то говорить, не видя сами отчеты. И вопрос с кучей нюансов.
Но могу про свои отчеты сказать.
У меня указанное соотношение, если его рассматривать тупо, как есть, без привязки к датам, тоже не выполняется.
Но этому есть объяснения.
1. В 1 квартале, если сложить суммы по строкам 140 и сравнить со строкой 070, расходится на сумму ндфл по декабрьской з/п. И это правильно. Выплатили её 30.12.16, а срок уплаты ндфл выпал на 09.01.17г. Аналогично, если рассматривать за полугодие нарастающий итог строк 140 и 070 строку. Сумма расхождения та же.
2. В 3 квартале, еще нюанс у меня появляется.
29 сентября выплачены отпускные , но срок оплаты ндфл по ним - 30 сентября, конец месяца, выпадает на выходной и переносится на октябрь. Соответственно, в раздел 2 за 9 месяцев не попадает, а в строке 070 сидит. Вот еще разница образовалась. Теперь уже в обратную сторону.
Если б мне пришел такой запрос из ИФНС, что вполне возможно, потому как ситуацию с отпускными сентябрьскими ифнс увидит у меня только в отчете за 4 квартал, я бы так по порядочку все разницы и объяснила.
Разберитесь с датами раздела 2.