Добавление субконто в 01.1.

Можно ли добавить новую аналитику по местам хранения в счет 01.1. На сколько это будет правильным? И что сделать, чтобы правильно перенести остатки?

Добавить можно все... только вот в последствиях можно потом утонуть.
01 счет - основные средства. По ним начисляется амортизация... соттветсвенно это влияет на прибыль.. На их основе - заполняется декларация на имущество предприятий...
Перед тем как добавлять субконто посмотри где используется счет и на что будет влиять это изменение... Возможно придется переделывать все! , что связано с этим счетом
Кстати. В 1С практически во всех конфигурациях в самом элементе справочника, т.е. в самом основном средстве, можно указать место эксплуатации основного средства.

Правильным будет использовать в карточке основного средства поле Место эксплуатации, которое соответствует справочнику Подразделения - и тогда будет Вам "счастье"