Проблема с загрузкой из ЗиК в Бух.

Проблема с загрузкой, при загрузки проводок в бухгалтерию в справочники сотрудники создает вторые записи сотрудников, как с этим бороться.

Проверьте чтобы сотрудники и в Бухгалтерии и в ЗиК в справочнике имели одинаковые имена. При обмене поиск идет именно по имени, и если такого сотрудника не находит  в справочнике, то вводит нового.
У вас такая большая необходимость выгружать проводки из ЗиК не сводно, а по каждому отдельно.

К сожелению да нужно по сотрудникам