ЗиК - Больничный

Подскажите пожалуйста , в больничном первые два дня идут за счет работодателя, берутся ли с этих двух дней налоги и какие ??

А такие же как и для дней, оплачиваемых ФСС, т.е. никакие кроме НДФЛ.

Тогда у нас проблема почему то начисляет есн с больничного ,с чем это может быть связано ?

Смотрите в базу для расчета налогов, может кто-то туда по ошибке добавил "Оплата б/л за счет работодателя" и т.д. Если это так, то выдергивайте их обратно и пересчитывайте налоги. Если не так , то смотрите в карточку вида расчета на закладку "налоговый учет", там кроме кода дохода по НДФЛ должно быть пусто.Если и там все нормально, то сделайте расчет налогов в журнале налогов построчно с комментариями и посмотрите внимательно, на то что умная программа вам напишет.