Да, размер файлов базы в файл-серверной версии сильно влияет на скорость работы в сети 1С, поэтому и дальше при ее разбухании скорость будет уменьшаться. Чтобы клиенты 1С на транзакциях не вылетали, увеличьте на них время захвата таблиц до 60-240 секунд (в зависимости от размера базы и количества клиентов) и период опроса изменений базы данных до 20-30 сек (меню Сервис->Параметры для 7.7).