В 1С (в 7.7 Бух и 7.7 УСН, по крайней мере) устроено так:
Выписка - регистратор фактически произошедших движений по расчетному счету, выдается банком по результатам дня. Выписка состоит из набора строк, для каждой строки есть основание.
Основания могут быть двух видов:
1. Платежное поручение
2. Операция по расчетному счету
Платежное поручение - документ, которым мы говорим банку "а заплатите туда то..."
Операция по расчетному счету - ситуация, когда банк делает движения по нашему счету без нашего платежного поручения. Это мемориальные ордера, которыми банк, например, снимает деньги "за ведение счета" и платежи наших клиентов.
Номера документов "Выписка", "Платежное поручение" и "Операция по расчетному счету" - это три совершенно разных непересекающихся множества.
Судя по всему, ваша ситуация вот такая:
В 1С номер у платежки "00000417", в файле, который выгружает система банк-клиент номер "417". Поэтому при выполнении загрузки 1С ставит платежкам тот же номер, который указан в файле обмена, то есть 00000417 превращается в 417. Это и сбивает нумерацию. Так или нет? Смотрите что в файле системы банк-клиент. Как ведет себя алгоритм? Что на что он меняет?
> чтобы номера исходящих платежек 1С не зависели от номеров банковских выписок
они и так не зависят, Выписки - отдельно, платежки - отдельно
> Наверное, логично было бы, чтобы банковские выписки попадали в другой документ (не в "Платежное поручение", а нпр, в "Операцию по расчетному счету")
Как я написал выше - выписка, платежное поручение и операция по расчетному счету - разные документы базы и пересекаться не должны.
Но! Есть версия Бухгалтерия предприятия на базе v8, где в самом деле нет документа "Выписка" и в тут все привязано к "Платежное поручение входящее" и "Платежное поручение исходящее". У вас конфигурация какая?